機能性ディスペプシアは、胃もたれ　みぞおちの痛み　吐き気など、胃の不快な症状が続いているにもかかわらず、内視鏡で診ても特に異常が見られない病気です。このように、胃の粘膜などに目に見える異常がない（器質的に変化がない）のに、胃の働き（機能）に問題があるのがこの病気の特徴です。
　元来、内視鏡検査で、胃炎や逆流性食道炎を認めても症状があるとは限らず、逆に症状があっても異常所見が認められないことがあります。そこで、症状があってもそれを説明できる異状が見つからない場合、胃に炎症があるなしにかかわらず、この「機能性ディスペプシア」と定義されるようになっています。